200 lat temu, w 1802 r., rozpoczęto w Niegowonicach budowę kościoła pw. św. Franciszka z Asyżu. "Fundatorem świątyni był ówczesny dziedzic tych ziem Franciszek Grabiński, herbu Świeńczyc. W skład nowej parafii weszły Niegowonice, Niegowoniczki, Grabowa, Błędów i Kuźnica Błędowska. Wybudowano kościół o jednonawowej, murowanej konstrukcji, pokryty gontem. Przylegała do niego dzwonnica z barokowym hełmem" - wyjaśnia historię ks. proboszcz Kazimierz Mrówka. Nie było jednak pisane, by kościół doczekał naszych czasów. W kwietniu 1909 r. strawił go straszliwy pożar. Nie zniechęciło to mieszkańców do porzucenia myśli o własnej świątyni. Kościół odbudowano i w prawie nie zmienionej konstrukcji zachował się do naszych czasów. Jego barokowo-klasycystyczna architektura, z dwoma bocznymi kaplicami i dzwonnicą zachwyca po dziś dzień i pięknie góruje nad miejscowością. Szczególne okazale wygląda trójfazowa fasada z wydatną dwukondygnacyjną attyką i wyniosłą wieżą, zakończoną barokowym hełmem. Warto podkreślić, że na ścianach i suficie znajdują się freski wykonane w 1932 r. przez prof. Antoniego Dawmonta. Po lewej stronie nawy głównej mieści się krypta grobowa Franciszka Grabińskiego oraz Józefa i Heleny Rogowskich. Do zabytkowego wyposażenia kościoła należą m.in. ograny z 1909 r., późnogotycki, drewniany krucyfiks Chrystusa Miłosiernego, barokowy kielich z 1687 r., barokowy feretron z obrazem Jezusa cierpiącego, barokowo- klasycystyczna monstrancja z początków XIX w., a także portret fundatora świątyni.
Ale parafia św. Franciszka żyje nie tylko historią. W latach 1984-85 w Grabowej wzniesiono kościół filialny pod wezwaniem św. Anny. A w 1996 r. oddano do użytku Diecezjalny Dom Młodzieży. Parafianie z Niegowonic słyną także jako wytrawni pątnicy. Na stałe do kalendarium życia parafii weszły wyjazdy do Kalwarii Zebrzydowskiej. Ale na trasie pielgrzymek znalazł się Licheń, Łagiewniki, Jasna Góra, Rzym, Niepokalanów, a nawet Ziemia Święta.
Dzięki proboszczowi ks. kan. Kazimierzowi Mrówce oraz ofiarności parafian udało się w ostatnich latach gruntownie odrestaurować kościół. Dach pokryto blachą miedzianą, a z okazji 200-lecia parafii ufundowano nowy ołtarz, wmurowano w kościele pamiątkową tablicę, a miejscowej Szkole Podstawowej i Gimnazjum nadano imię ks. prałata Stefana Joniaka, wieloletniego proboszcza Niegowonic, który swym oddaniem i miłością do bliźnich na zawsze wpisał się w serca parafian. Nic dziwnego, że biskup Śmigielski wyraził uznanie wobec parafian, władz samorządowych i przybyłych kapłanów dla ks. Kazimierza Mrówki za dokonania w jego rodzinnej parafii. Ordynariusz szczerze cieszył się z podjętych i zrealizowanych działań na polu inwestycyjnym, ale i duszpasterskim.