Uroczysta inauguracja miała miejsce 30 września br. w kościele seminaryjnym. Było to połączone święto zarówno dla Seminarium, jak i dla Papieskiego Wydziału Teologicznego, z jego obydwoma sekcjami: Bobolanum i św. Jana Chrzciciela. Mszy św. koncelebrowanej na początku spotkania przewodniczył Prymas Polski kard. Józef Glemp. Homilię wygłosił prowincjał jezuitów o. Dariusz Kowalczyk.
- Jakiej teologii potrzebuje współczesny człowiek? - pytał o. Kowalczyk. Z jego rozważań wynikało, że nie istnieje żaden jednorodny model współczesnego człowieka. - Jeśli coś charakteryzuje nasze czasy, to pluralizm - mówił prowincjał jezuitów - nawet bowiem wyznając to samo Credo, w różny sposób realizujemy je w życiu. Dlatego według o. Kowalczyka współczesny świat potrzebuje różnych kapłanów i różnych sposobów mówienia o Bogu.
Po Mszy św. dziekan Papieskiego Wydziału Teologicznego, ks. prof. Jan Miazek wręczył nowym alumnom indeksy i odebrał ślubowanie studenckie. Rektor Seminarium ks. prof. Krzysztof Pawlina przypomniał im, że w świecie, gdzie wydaje się brakować miejsca na wartości transcendentne, mają przywracać nadzieję. Mają pokazywać, że człowiek, to coś więcej niż tylko istota gromadząca i konsumująca dobra materialne, że obwieszczanie kresu człowieka, podobnie jak stawianie człowieka jako miary wszystkiego, jest bezzasadne.
Wykład inauguracyjny na temat inżynierii genetycznej poprowadził rektor Uniwersytetu Warszawskiego prof. Piotr Węgleński. Stwierdził, że w historii ludzkości były już dwa podobne odkrycia naukowe, które poruszyły ludzką wyobraźnię i stały się poważnym wyzwaniem dla Kościoła. Chodziło o odkrycie układu heliocentrycznego i ogłoszenie teorii Darwina. Żadne z tych odkryć nie stały się ostatecznie zagrożeniem dla człowieka i dla jego wiary. Wykładowca zaproponował pozytywne podejście do inżynierii genetycznej, pokazując w niej szansę na leczenie wielu chorób. Uspakajał, że w niczyim interesie nie leży masowe klonowanie człowieka, ponieważ siła gatunku ludzkiego leży w jego różnorodności. - Czy ktoś wyobraża sobie świat, w którym żyliby sami Einsteinowie? - pytał retorycznie.
Na zakończenie uroczystości Ksiądz Prymas podzielił się ze zgromadzonymi refleksją na temat wolności, która podobnie jak miłość, nie jest zapisana w ludzkich genach, a stanowi ważny czynnik wyróżniający nas we wszechświecie i pozwalający realizować się w społeczeństwie. Alumnom życzył wzrastania w chrześcijańskiej wolności, wbrew modom, które próbuje dyktować świat.