Urodził się w Esneh, w Górnym Egipcie. Jego rodzice byli poganami. Kiedy miał 20 lat, został wzięty do wojska i musiał służyć w legionach rzymskich w pobliżu Teb. Z biegiem czasu zapoznał się jednak z nauką Chrystusa. Modlił się też do Boga chrześcijan, by go uwolnił od okrutnej służby. Po zwolnieniu ze służby wojskowej przyjął chrzest. Udał się na pustynię, gdzie podjął życie w surowej ascezie u św. Polemona. Potem w miejscowości Tabenna prowadził samotne życie, jednak zaczęli przyłączać się do niego uczniowie. Tak oto powstał duży klasztor. W następnych latach Pachomiusz założył jeszcze osiem podobnych monasterów. Po pewnym czasie zarząd nad klasztorem powierzył swojemu uczniowi św. Teodorowi, a sam przeniósł się do Phboou, skąd zarządzał wszystkimi klasztorami-eremami. Pachomiusz napisał pierwszą regułę zakonną, którą wprowadził zasady życia w klasztorach. Zobowiązywał mnichów do prowadzenia życia wspólnotowego i wykonywania prac ręcznych związanych z utrzymaniem zakonu. Każdy mnich mieszkał w oddzielnym szałasie, a zbierano się wspólnie jedynie na posiłek i pacierze. Reguła ta wywarła istotny wpływ na reguły zakonne w Europie, m.in. na regułę św. Benedykta. Regułę Pachomiusza św. Hieronim w 402 r. przełożył na język łaciński (Pachomiana latina). Koptyjski oryginał zachował się jedynie we fragmentach.