Jest autorem wielu książek i publikacji naukowych z dziedziny liturgiki, praw człowieka oraz muzykologii. Od 1992 r. jest członkiem Papieskiej Rady do Spraw Dialogu z Niechrześcijanami. Przez różne instytucje międzynarodowe wielokrotnie nagradzany, za pomoc ofiarom wojny na Bałkanach, obronę praw ludzkich i obronę wypędzonych. W 2004 r. nominowany do Pokojowej Nagrody Nobla. Nominację wsparło bardzo wiele Stowarzyszeń, Związków, Stronnictw, Towarzystw w kraju i zagranicą, w tym Helsiński Komitet Praw Człowieka.

Jest niestrudzonym obrońcą praw człowieka i godności ludzkiej. Biskup Franjo Komarica jest prawdziwym sługą Jezusa Chrystusa i pasterzem Kościoła. Misję swoją realizuje z wielkim oddaniem i dużym wysiłkiem, wielokrotnie wydaje się, że to co robi jest to ponad ludzkie siły. Podczas konferencji Ksiądz Biskup mówił m.in. o wydarzeniach, jakie miały miejsce w latach 1992-1995 na tamtych terenach, postanowieniach pokojowych traktatu z Dayton oraz o obecnej sytuacji katolików na Bałkanach. W trakcie spotkania odbyła się także promocja książki „Zdejmowanie masek” autorstwa bp Komarnicy i niemieckiego dziennikarza Winfrieda Gburka, która została wydana w dwudziestą rocznicę zakończenia wojny domowej w Bośni i Hercegowinie. Autorzy opisują tło wojny w Bośni i Hercegowinie oraz przedstawiają mechanizmy i metody prześladowania katolików w Republice Serbskiej.

Tym, którym udało się przetrwać czas wojny i pozostali w swoich domach, dziś nie przysługują żadne prawa. Są nadal prześladowani. A politycy i świat milczy. Jak mówi bp Komarnica przyzwolenie na takie działanie separatystów serbskich jest akceptowane m.in. przez przedstawiciela EUFOR, austriackiego dyplomatę Valentina Inzko, który z ramienia NATO pełni nadzór nad realizacją postanowień z Dayton od 2009 r.