W liście do Kurii Metropolitalnej Szczecińsko-Kamieńskiej z 1 kwietnia 1995 r., proboszcz parafii NSPJ ks. Waldemar Michałowski, troską „o dobro dusz nieśmiertelnych” uzasadnia prośbę o poświęcenie kaplicy „na byłym lotnisku radzieckim” i nadanie jej wezwania NMP Matki Kościoła. W Niedzielę Palmową 9 kwietnia 1995 r. poświęcenia dokonuje bp Jan Gałecki. W trakcie pobytu bp. Jana w Chojnie oraz podczas posiedzenia Rady Kapłańskiej 19 maja, dostrzeżono potrzebę utworzenia nowej parafii o tym wezwaniu.

Powstała z podziału parafii

Kolejne pismo do kurii z 2 czerwca 1995 r., zawiera wniosek o „utworzenie nowej parafii pw. NMP Matki Kościoła w Chojnie – lotnisko poradzieckie”. Proboszcz uzasadnia go planami otwarcia tu zbiorczej szkoły podstawowej, szybkim wzrostem liczby mieszkańców lotniska i działalnością sekt.

Abp Marian Przykucki wydaje 1 lipca 1995 r. dekret erekcji parafii pw. NMP Matki Kościoła w Chojnie (lotnisko). Powstaje ona z podziału parafii pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa w Chojnie i parafii pw. Świętej Trójcy w Chojnie i należeć będzie do dekanatu Chojna. Osobnym dokumentem z tego samego dnia arcybiskup mianuje proboszczem ks. Mieczysława Wdowiaka, który pełni tę funkcję do 28 sierpnia 2002 r. Kolejnymi proboszczami są: ks. Jan Prątnicki (2002 – 2006) oraz ks. Andrzej Galant (od 2006 r.).

Z pomocą przyszła gmina

Początki są trudne. Nowy proboszcz musi mieszkać w gościnie na plebanii parafii NSPJ. Parafia rozległa na 11 km składa się trzech ludzkich skupisk: chojeńskiej dzielnicy lotnisko z przyległościami, dwóch zrośniętych z sobą historycznych osad – Mętna Małego i Mętna, wreszcie od południowego zachodu zamykającej ją miejscowości Łaziszcze. W dniu ustanowienia parafii na tym rozległym terenie czynne są tylko dwa obiekty sakralne: nowa kaplica NMP Matki Kościoła na Lotnisku oraz XIII-wieczny kościół filialny Zwiastowania NMP w Mętnie. Oczekujący na konserwację XIV-wieczny kościółek w Mętnie Małym jest nieużytkowany. Łaziszcze nie mają kościoła, wierni uczęszczają stąd na Msze św. do Mętna lub, jak w czasach pierwszych chrześcijan, są one odprawiane na miejscu po domach. Także i tu z pomocą przychodzi gmina, która w 2004 r. przekazuje wspólnocie większą część budynku dawnego sklepu. Wierni remontują obiekt poświęcony w następnym roku przez bp. Jana Gałeckiego, który jako kościół filialny otrzymuje wezwanie św. Jana Chrzciciela.

Pierwsza Msza święta

W czerwcu 2006 r. ks. proboszcz Andrzej Galant występuje do gminy z podaniem o przekazanie placu pod budowę kościoła. Projekt architektoniczny kościoła przygotował Jerzy Nowak z Bezrzecza. Dziesięć lat później, 26 maja 2016 r. gotowa jest plebania, zaś w już wzniesionych murach nowego parafialnego kościoła, choć jeszcze bez dachu, umiejscowiony jest ostatni, czwarty ołtarz procesji Bożego Ciała. Z czasem nawa zostaje okryta dachem, montuje się stałe elementy prezbiterium, tabernakulum, krzyż, kamienny ołtarz, ambonę i chrzcielnicę w taki sposób, by wystrój kościoła był zgodny z kanonami liturgicznymi. Pomocy udziela parafii wieloletni liturgista diecezji ks. prał. Kazimierz Mańkowski. W dniu 27 kwietnia 2017 r. odbywa się w kościele pierwsza Msza święta.

Wreszcie w roku 2025, w którym przypada 30. rocznica ustanowienia parafii, abp Wiesław Śmigiel wyznacza datę konsekracji kościoła parafialnego NMP Matki Kościoła w Chojnie na dzień 6 września.

Trzydzieści lat upłynęło proboszczom na codziennej posłudze duszpasterskiej, budowie kościołów, wysiłkach formacyjnych, wychowawczych, pracy z młodzieżą i dorosłymi. Wspólnota licząca dziś nieco ponad 1800 dusz rozwija się i trwa w żywym ciele Kościoła Powszechnego.