Ks. prof. Jan Kowalski urodził się 4 czerwca 1930 r. we wsi Krępa k. Miechowa, w parafii Gołcza. Święcenia kapłańskie przyjął 27 czerwca 1954 r. z rąk bp. Zdzisława Golińskiego, na motto swojej posługi kapłańskiej wybrał słowa: „Pan moim przeznaczeniem i dziedzictwem. On mój los zabezpiecza... niczego się nie boję” (por. Ps 16). Pracował w parafiach w Mierzycach i w Konopiskach, a następnie odbył studia na KUL w zakresie teologii moralnej. W 1959 r. został wykładowcą w Wyższym Częstochowskim Seminarium Duchownym w Krakowie, później również w Wyższym Seminarium Duchownym Zakonu Paulinów, w Wyższym Śląskim Seminarium Duchownym i w Wyższym Seminarium Misyjnym Księży Sercanów w Stadnikach. W latach 1968-71 przebywał na stypendium naukowym w Szwajcarii. Po powrocie do kraju kierował Katedrą Teologii Moralnej na Papieskim Wydziale Teologicznym w Krakowie. W 1997 r. został profesorem zwyczajnym. W latach 60. ubiegłego wieku był ojcem duchownym Wyższego Częstochowskiego Seminarium Duchownego, a w latach 70. – wicerektorem, prefektem studiów i rektorem Wyższego Częstochowskiego Seminarium Duchownego.

Ks. prof. Jan Kowalski był również: dyrektorem Częstochowskiego Wydawnictwa Archidiecezjalnego „Regina Poloniae”, krajowym duszpasterzem nauczycieli i wychowawców, sekretarzem Polskiego Towarzystwa Teologicznego, zastępcą redaktora naczelnego „Ruchu Biblijnego i Liturgicznego”, cenzorem pism i programów katolickich w archidiecezji częstochowskiej, członkiem Archidiecezjalnej Rady Kapłańskiej i Kolegium Konsultorów, kapelanem honorowym Ojca Świętego, kanonikiem gremialnym Kapituły Bazyliki Archikatedralnej Częstochowskiej, kanonikiem honorowym Metropolitalnej Kapituły Wrocławskiej, a w 2010 r. został protonotariuszem apostolskim.

W 2002 r. otrzymał doktorat honoris causa Papieskiego Wydziału Teologicznego we Wrocławiu, a w 2007 r. – od prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego – Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi w kształtowaniu etyki, etosu pracy i doskonaleniu umiejętności warsztatu pracy nauczycieli i wychowawców.

Od początku swojej drogi naukowej ks. prof. Kowalski przejawiał żywe zainteresowanie europejską myślą moralną, mając do niej jednak krytyczny stosunek. Aktywnie uczestniczył w licznych kongresach międzynarodowych etyków i teologów, zwłaszcza obszaru języka francuskiego i niemieckiego. Nie tylko sam korzystał z ich przemyśleń i dorobku, ale też przekazywał zachodnim teologom dorobek polskiej teologii moralnej. Stąd bywał nazywany przez polskie środowisko teologiczne „teologiem europejczykiem”. Kierunkami poszukiwań naukowych ks. prof. Jana Kowalskiego były m.in.: problematyka współczesnych wyzwań, chrystocentryzm we współczesnej teologii moralnej, sprawiedliwość społeczna, sytuacja współczesnego człowieka, etyka rynku, etyka życia, kapłaństwo i formacja kapłanów. Najwięcej uwagi poświęcił współczesnym kwestiom etycznym, takim jak: problematyka wojny i zbrojeń, inżynieria genetyczna, kara śmierci, eutanazja, moralne aspekty kultury i mediów, choroby AIDS, zagrożenia ze strony sekt i gnozy. Dbał o to, aby klerycy i jego studenci byli ludźmi dobrze wykształconymi. Starał się dla nich o stypendia zagraniczne, szczególnie do Niemiec i Szwajcarii.

Ks. prof. Kowalski był autorem ponad 300 publikacji teologicznych, w tym książek, m.in. „Wyzwania stawiane współczesnej teologii moralnej” (1996), „Źrenica oka diecezji. Siedemdziesięciopięciolecie Wyższego Seminarium Duchownego Kościoła Częstochowskiego (1926-2001)” (2001).

Pogrzeb śp. ks. prof. Jana Kowalskiego odbył się 19 lutego br. w Gołczy k. Miechowa. Jego ciało zostało złożone na cmentarzu parafialnym.