Idea Duszpasterstwa Akademickiego narodziła się w średniowieczu w kręgu powstających wówczas uniwersytetów. Profesorowie i studenci służyć mieli Prawdzie, a najwyższą Prawdą był Chrystus. Pierwszy kościół akademicki w Polsce pod wezwaniem św. Anny wyznaczony został dla studentów Akademii Krakowskiej w XIV wieku.

Instytucjonalny rozwój duszpasterstwa akademickiego przypada na czasy II Rzeczpospolitej. Kościół próbował docierać do studiującej młodzieży poprzez katolickie stowarzyszenia i organizacje studenckie, a także odrębne ośrodki duszpasterskie tworzone przy szkołach wyższych. Pierwszymi duszpasterzami akademickimi zostali ks. dr Stanisław Sapiński w Krakowie i ks. Edward Szwejnic w Warszawie.

Po drugiej wojnie światowej nowe władze Polski Ludowej dążyły do podporządkowania sobie wszystkich przejawów życia społecznego. Kościół początkowo próbował kontynuować przedwojenny model pracy duszpasterskiej, jednak dekret z sierpnia 1949 r. nakazywał organizacjom ubieganie się o ponowną legalizację. Kościół zrezygnował z tych starań, w związku z czym od końca 1949 r. wszystkie stowarzyszenia kościelne zawiesiły swoją działalność.

Większe możliwości działania pojawiły się po śmierci Józefa Stalina w 1953 r. Obok działającego wcześniej delegata Episkopatu ds. Duszpasterstwa Akademickiego powstała wówczas Komisja Krajowa Duszpasterstwa, a biskupi polscy zatwierdzili wytyczne dla duszpasterstwa akademickiego (w ogólnym zarysie obowiązywały do końca PRL). Uznano je za urząd kościelny powoływany przez ordynariusza diecezji do sprawowania opieki duchowej nad całą społecznością akademicką. Ośrodkiem działań był kościół akademicki. Program pracy rozwijał Regulamin Komisji Duszpasterstwa Akademickiego z 1967 r. Celem było uformowanie z młodego studenta dojrzałego człowieka i chrześcijanina, który poczuwałby się do odpowiedzialności za siebie i wspólnotę. Niejako przy okazji duszpasterstwa akademickie stawały się w latach 70. „kuźnią” przyszłych opozycjonistów.

W tym właśnie okresie zaczyna się oficjalna historia „Wieczernika” – w 1970 r. bp Ignacy Tokarczuk mianował diecezjalnym duszpasterzem środowiska akademickiego ks. Kazimierza Ryczana. Ośrodkiem diecezjalnego duszpasterstwa akademickiego został kościół Chrystusa Króla.

Od października 1970 r. duszpasterstwo rozpoczęło działalność. Za pierwszego duszpasterza ustalił się zasadniczy plan działalności, w którym modlitwa i praca przeplatała się z rozrywką, a wszystko odbywało się w atmosferze młodzieńczej radości, koleżeństwa i przyjaźni, pod duchową opieką duszpasterza pozostającego zawsze do dyspozycji studentów i w bliskości z Bogiem.

Z powodu choroby ks. Ryczana w 1975 r. na czasowe zastępstwo przyszedł ks. Ireneusz Folcik. Przeciągnęło się ono do 20 lat intensywnej pracy nad podwalinami organizacyjnymi rzeszowskiego duszpasterstwa. W 1976 r. Duszpasterstwo Akademickie przy kościele Chrystusa Króla otrzymało nazwę „Wieczernik” oraz hymn autorstwa Zygmunta Tokarskiego. Oficjalny sztandar duszpasterstwa został poświęcony w 1981 r.

Był to również szczególny czas w historii Polski, znaczony takimi wydarzeniami, jak wybór kard. Karola Wojtyły na papieża w 1978 r., powstanie NSZZ „Solidarność” w 1980 r., wprowadzenie stanu wojennego w 1981 r., zamordowanie ks. Jerzego Popiełuszki w 1984 r., papieskie pielgrzymki do Polski, przemiany demokratyczne po 1989 r. Uczestniczyli w nich studenci, absolwenci, pracownicy naukowi związani z „Wieczernikiem”, ucząc się patriotyzmu, odpowiedzialności za siebie i innych, solidarności, wiary i zawierzenia Bogu.

W 1995 r. ks. I. Folcik został proboszczem w kościele św. Józefa na Staromieściu w Rzeszowie. Po nim w „Wieczerniku” pracowali: ks. dr Wacław Sopel, ks. dr Józef Kula, ks. dr Piotr Steczkowski, ks. Daniel Drozd, ks. dr Grzegorz Wójcik. Od 2015 r. funkcję tę pełni ks. dr Wojciech Radomski.

Formacja duchowa i intelektualna „Wieczernika” zostawiła trwały ślad u większości jego uczestników, niejednokrotnie wywierając decydujący wpływ na dalsze wybory życiowe (powołania małżeńskie i kapłańskie, zaangażowanie w działalność społeczną). Dla większości tych, którzy się z duszpasterstwem zetknęli, „Wieczernik” wciąż żyje.